Existen múltiples opciones de tratamiento para la cistitis intersticial debiendo elegirse la mejor opción para cada paciente.
Tradicionalmente se ha realizado tratamiento con analgésicos orales específicos para la cistitis intersticial asociado a tratamientos locales como las instilaciones de ácido ialurónico intravesical o la inyección de bótox en la vejiga.
Cuando estas opciones fracasan, se plantean otras alternativas como la Neuromodulación de raíces sacras o incluso la cistectomía.
En los últimos años han surgido nuevas opciones tratamiento como los fármacos inmunosupresores o la administración de plasma rico en plaquetas con resultados prometedores.